La Iglesia de Alejandría, en Egipto, fue fundada por San Marcos el Evangelista alrededor del año 42, quien fue enviado a esta ciudad por los apóstoles Pedro y Pablo, durante la época del emperador romano Claudio. En 62 Marcos nombro al obispo Aniano, dejando la ciudad para viajar a Roma a reunirse con Pedro y más tarde predico en el noreste de Italia, en Aquileia y Rávena. Regresó a Alejandría, alrededor del año 64. Eusebio de Cesarea relata que Marcos fue martirizado en Alejandría, siendo su cuerpo arrastrado por las calles de la ciudad.
La Iglesia de Alejandría reclama la jurisdicción sobre los cristianos de todo el continente africano. El cristianismo se extendió por todo Egipto en unas pocas décadas, como puede verse en los escritos del Nuevo Testamento en Bahnasa, en el Egipto Medio, que datan alrededor del año 200, y un fragmento del Evangelio de Juan escrito en idioma copto, que se encuentra en el Alto Egipto y que datan de la primera mitad del siglo ii.
El símbolo de la cruz de Cristo se empezó a emplear en Alejandría, mientras en Roma y el resto del imperio se utilizaba el pez o el anagrama ó crismón críptico de Jesucristo, representado por las letras griegas Χ y Ρ.
Durante el obispado de Marcos II de Alejandría, a mediados del siglo II, las corrientes teológicas o herejías gnósticas, de Basilides, Carpocrates y Valentino comenzaron a formarse dentro de la comunidad alejandrina.
La Escuela catequística de Alejandría dio origen al nacimiento y difusión del monacato en sus diversas formas. A la cabeza de la escuela teológica de Alejandría estuvo Heraclas de Alejandría, convertido al cristianismo por Orígenes y poco después se convirtió en obispo de la ciudad, que le dio el título de padre o Papa, patriarca de Alejandria.
Clemente de Alejandría, Orígenes y Atanasio de Alejandría, fueron figuras destacadas de este patriarcado. Durante los primeros tres siglos, se construyeron una gran cantidad de iglesias y se desarrolló un rito litúrgico propio: la liturgia del apóstol Marcos (alejandrina).
A principios del siglo iv un presbítero proveniente de Libia, llamado Arrio, que servía en la catedral de Baucalis, comenzó a predicar, sobre la base de las doctrinas gnósticas del siglo anterior, la subordinación de Cristo a Dios Padre, negando la doctrina de la Santísima Trinidad. La doctrina de Arrio atrajo la atención del obispo Pedro de Alejandría, quien lo excomulgó. El obispo Alejandro de Alejandría convocó en 318 un sínodo durante el cual se condenó la doctrina arriana, lo que provocó que Arrio huyera a Constantinopla, por lo cual el Concilio de Nicea (325) fue convocado por el emperador Constantino para resolver el asunto y dio lugar a la formulación del Credo, cuyo autor fue el obispo Atanasio de Alejandría.
El Concilio de Constantinopla I en 381 reconoció al metropolitano de Alejandría poderes de inspección sobre todos los obispos de Egipto. Pero también decidió que el obispo de Constantinopla «tendría primacía de honor, después del obispo de Roma, puesto que Constantinopla es la Nueva Roma», debido a las presiones del emperador Teodosio y se basó en que Constantinopla era la capital del recién establecido Imperio bizantino, sede del emperador. El 27 de febrero de 380 Teodosio , Graciano y Valentiniano II publicaron un edicto para que todos sus súbditos profesaran la fe de los obispos de Roma y Alejandría.
El edicto fue principalmente una ofensiva contra las diversas creencias que habían surgido fuera del cristianismo niceno, tales como los macedonios, arrianos, anomeos y novacianos. El texto conocido como en el Codex Theodosianus XVI.1.2, dice:
Es nuestro deseo que todas las diversas naciones que están sometidas a nuestra Clemencia y Moderación, deben continuar en la profesión de esa religión que fue transmitida a los romanos por el divino apóstol Pedro, tal como ha sido conservada por la fiel tradición y que actualmente es profesada por el Pontífice Dámaso y por Pedro, Obispo de Alejandría, un hombre de santidad apostólica. De acuerdo con la enseñanza apostólica y la doctrina del Evangelio, creemos en una sola deidad del Padre, el Hijo y el Espíritu Santo, en igual majestad y en una santa trinidad. Autorizamos a los seguidores de esta ley que asuman el título de católicos cristianos; pero por lo que se refiere a los otros, pues, en nuestro juicio ellos son locos insensatos, decretamos que sean señalados con el ignominioso nombre de herejes, y no pueden pretender dar a sus conventículos el nombre de iglesias. Ellos sufrirán en primer lugar la reprensión de la condena divina y en segundo lugar el castigo de nuestra autoridad que de acuerdo con el deseo del Cielo decidirá infligir”
Teodosio adoptó una política amistosa hacia los cultos no cristianos, reiterando las prohibiciones de sus predecesores cristianos sobre el sacrificio de animales, la adivinación y la apostasía, mientras permitía que se realizaran públicamente otras prácticas paganas y que sus templos permanecieran abiertos.
Fue durante este periodo, de revueltas contra los cristianos por parte de los paganos y los herejes arrianos, sucedió la destrucción del gigantesco Serapeum de Alejandría en 392.
Eusebio menciona peleas callejeras en Alejandría entre bandas mixtas de cristianos y no cristianos ya en el año 249, y los no cristianos habían participado en las luchas por y en contra de Atanasio en 341 y 356. «En 363 mataron al obispo Jorge y destruyeron de los tesoros más sagrados de la ciudad».
Ambrosio, obispo de Milán, en 390, excomulgó a Teodosio, quien había ordenado la masacre de 7000 habitantes de Tesalónica, en respuesta al asesinato de su gobernador militar y Teodosio llevó a cabo varios meses de penitencia pública. La excomunión fue temporal y Ambrosio no lo readmitió hasta que Teodosio mostró público arrepentimiento.
393 es el último año en que se celebraron los Juegos Olímpicos oficialmente, ya que fueron prohibidos debido a las orgias y culto a falsos dioses olímpicos, pero Ingomar Weiler, señala que los Juegos Olímpicos continuaron después de Teodosio y terminaron debido a la falta de presupuesto para su realización, el final de los juegos se conecta con un incendio que quemó el templo de Zeus Olímpico en 426.
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