La pequeña capilla de la Porciúncula fue erigida por el papa Liberio (352-66) y los eremitas del valle de Josafat, quienes habrían llevado al lugar reliquias de la tumba de la Virgen, la capilla pasó a poder de san Benito en 516.
Se llama Nuestra Señora del Valle de Josefat o de los Ángeles, refiriéndose a la Asunción de la Virgen a los cielos acompañada por ángeles y al canto de los ángeles allí se escucha con frecuencia.
Esta pequeña iglesia fue entregada, alrededor del año 1208 a san Francisco por el abad de san Benito de monte Subasio, con la condición de hacer de ella la iglesia madre de su familia religiosa. Estaba en malas condiciones, abandonada en un bosque de robles. La restauró con sus propias manos. En esta iglesia, el 24 de febrero de 1208, san Francisco oyó la llamada de Jesús para que eligiera una vida de absoluta pobreza según el discurso misionero del evangelio de san Mateo, 10, 5.15.
Esta pequeña iglesia se convirtió en el hogar de san Francisco y sus primeros discípulos. Aqui san Francisco fundó la orden de hermanos menores.
El domingo de ramos de 1211 san Francisco recibió en esta iglesia a Clara de Asís y la dedicó al Señor.
Presintiendo su final, san Francisco regresó a la Porciúncula en septiembre de 1226. En su lecho de muerte, san Francisco recomendó la capilla a la leal protección y cuidado de sus hermanos. El propio san Francisco había indicado que la Porciúncula fue la fuente original de inspiración y el modelo para todos sus seguidores.