El 3 de septiembre de 1817 Simón Bolívar promulgó, desde Guayana, el Decreto sobre Secuestro y Confiscación de Bienes, anunció el secuestro y la confiscación de “todos los bienes y propiedades, muebles e inmuebles de cualquier especie, y los créditos, acciones y derechos correspondientes, quedan secuestradas y confiscadas a favor del Estado”. Del mismo modo, establecía que todas las haciendas y propiedades -de cualquier especie- pertenecientes a los Padres Capuchinos y demás misioneros, quedaban confiscados a favor del Estado.
En 1822 Simón Bolívar decretó la expropiación de todos los conventos, estableció el matrimonio civil obligatorio y el divorcio, e impulsó una ley de separación entre la Iglesia y el Estado.
Las Revoluciones liberales se dedicaron no solo en América sino en Europa a expropiar los bienes de la iglesia, como ocurrió durante la Revolución francesa(1789) o la desamortización de Godoy en 1798, en España y la Ley Lerdo de 1856 en México, o como lo hicieran en Argentina en el gobierno de Rosas y Rivadavia.
En otras palabras, Bolívar independizó América de Dios y sus seguidores hicieron lo mismo en lo sucesivo hasta nuestros días. Con guerras anticlericales de distintas intensidades, pero siempre de corte «progresista».
Expulsaron al clero, confiscaron las propiedades de la iglesia, que había construido universidades solo 50 años después del descubrimiento de América. Catedrales, noviciados, orfanatos, hospitales, orfanatos, seminarios, cementerios, parroquias, colegios, manicomios, etc.
El decreto de guerra a muerte contemplaba que; «Todo español que no conspire contra «España» en favor de «la revolución» por los medios más activos y eficaces, será tenido por enemigo y castigado como traidor a la patria, y por consecuencia será irremisiblemente pasado por las armas».
Las ciudades de América se construyeron por sacerdotes ingenieros y fundaciones católicas como lo atestiguan Villavicencio y muchos paises que tomaron su nombre de la cristiandad como republica dominicana capital santo domingo o La Muy Noble y Leal Ciudad de Nuestra Señora Santa María de la Asunción paraguay, belén en brasil o santa Fe de Bogotá. Fue un continente regalado por Dios y evangelizado santamente, al extremo que la herejia protestante no llego a sudamerica hasta mas de 300 años después.relevancia, especialmente en los actuales territorios de Paraguay, la Argentina y el sur del Brasil.
En la Nueva España merece especial atención la obra del oidor Vasco de Quiroga, obispo de Michoacán, fundador de los llamados pueblos-hospitales. Y el virrey Francisco Álvarez de Toledo, organizador y promotor del sistema de reducciones en el Virreinato del Perú
Durante el proceso de independencia iniciados a principios del siglo XIX, varios clérigos criollos simpatizaron con la causa patriota y participaron activamente como agitadores, capellanes y aun soldados. Varios de ellos incluso llegaron a ingresar a las sectas cuyas logias se establecieron por esos años con gran aceptación de parte de las élites locales. Luego de un proceso dubitativo, la Santa Sede reconoció en 1835 al nuevo estado independiente y estableció relaciones formales con este, iniciando además un proceso de romanización eclesiástica. Al tiempo, las élites liberales en el poder presionaron por el establecimiento de un estado cada vez más libre el influjo eclesiástico, lo que provocó choques de poder con la institución clerical que no estaba dispuesta a ceder su espacio en la sociedad.
Vale la pena aclarar que este hecho se presentaba en el contexto de la lucha entre federalistas y centralistas, aquellos de escuela liberal influenciados en la Revolución francesa, estos de corte conservador, fieles a la herencia española de honor militar y clericalismo; conflicto que más tarde desencadenaría en una de las guerras civiles del XIX que vivió la joven república, periodo conocido como la Patria Boba.
La segunda expropiación de bienes eclesiásticos, llevada a cabo por Tomás Cipriano de Mosquera en 1861-63, la declaratoria de tuición de cultos (1861) extrañamientos de obispos, supresión de comunidades religiosas (1861) o la expulsión de los Jesuitas (en dos oportunidades: 1851 y 1861). Finalmente, los intentos del gobierno radical por establecer un sistema educativo «neutro» en materia religiosa degeneró en una guerra civil (1877) donde participaron activamente varios obispos y clérigos. A partir de 1886 las relaciones entre ambas potestades se regularizaron de nuevo con el establecimiento de una nueva constitución centralista, que reconocía a la Iglesia católica como fundamento de unidad nacional.
En 1887 se firmó un concordato con la Santa Sede, en el cual se le otorgaba a la institución eclesiástica el control del sistema educativo colombiano, privilegio que mantuvo hasta la reforma concordataria de 1973, a la vez que le restituía las tierras y bienes que le fueron substraídos durante la desamortización impulsada por los radicales.
Rafael Núñez pagó a la Iglesia católica una indemnización, al tiempo que se acrecentaban los problemas sociales y la lucha intestina entre liberales y conservadores, evento conocido como la Guerra de los mil días.
El secularismo que propende por la separación Iglesia/Estado generada por la Revolución francesa y la Independencia de los Estados Unidos, trajo como consecuencia la creación de una sociedad que en su base se hace «menos religiosa» y que circunscribe la esfera religiosa a la privacidad del individuo o del grupo. Esta separación no es para nada pacífica: Aquello que antes era considerado dominio de la religión, es tomado por el Estado civil que regula la vida del ciudadano y hace entrar en crisis lo que la religión considera su esfera. Discusiones como el aborto, la eutanasia, el matrimonio entre personas del mismo sexo.
Tomás Cipriano de Mosquera, prohibió que los miembros de la Iglesia ejercieran sus cargos sin autorización del gobierno y, sobre todo, la pérdida del monopolio educativo de manos de la organización Católica. A través de este último elemento los liberales radicales, y antes el General Santander, vieron la posibilidad de introducir doctrinas que se entendían como fundamentales en el progreso intelectual y moral del país, como la filosofía positivista de Jeremy Bentham, que para el momento estaban condenadas y prohibidas por la Iglesia.
El conflicto entre Bolívar y el Arzobispo de Caracas, Monseñor Coll y Pratt va desde 1812 hasta 1816, en mayo de 1827 el Vaticano nombró directamente Arzobispos y Obispos para la Gran Colombia, acabando el Patronazgo Eclesiástico español.
Bolívar quiso subordinar a la jerarquía eclesiástica hacia sus propósitos revolucionarios y bélicos, aunque fuese a base de presiones e intimidación.
La influencia eclesiástica tuvo después del terremoto [en marzo de 1812], una parte muy considerable en la sublevación de los lugares, y ciudades subalternas; y en la introducción de los enemigos en el país; abusando sacrílegamente de la santidad de su ministerio a favor de los promotores de la guerra civil. Sin embargo, estos sacerdotes se animaban a cometer los execrables crímenes de que justamente se les acusa porque la impunidad de los delitos era absoluta (…)
«Es muy probable que al expirar la Península, haya una prodigiosa emigración de hombres de todas clases; y particularmente de cardenales, arzobispos, obispos, canónigos y clérigos revolucionarios, capaces de subvertir, no sólo nuestros tiernos y lánguidos estados, sino de envolver el Nuevo Mundo entero en una espantosa anarquía». Bolívar
La opinión de Coll respecto a Bolívar en el desarrollo de la denominada Campaña Admirable y el inicio de la guerra a muerte era;
“(…) Insolente con las victorias que había conseguido en el Nuevo Reino de Granada (…) autorizado por éste [el Congreso de Tunja] para el exterminio de los pueblos, después de haber recibido de él los decretos de la guerra a muerte (…) ensoberbecido con la propia sangre que había mandado inicuamente a derramar (…) pisó osadamente este suelo infeliz, creyendo que su imperio iba a ser eterno. El terror y la muerte le habían precedido desde sus primeras invasiones; el pavor y la desolación le seguían, y parece que con la presencia de aquel monstruo, la provincia toda cayó como en un repentino desfallecimiento…”
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