El cristianismo llegó al Japón durante el gobierno del Emperador Shōmu, en el siglo VIII, sin embargo, todo vestigio ha sido borrado sistemáticamente por las brutales persecuciones budistas. Los registros de apariciones de la virgen, los ángeles y numerosos milagros, han sido extirpados de la memoria a fuerza de obligar, cada Año nuevo, a pisar y destruir, imágenes de la Virgen María y otros santos. En caso contrario eran asesinados arrojándolos en el volcán del Monte Unzen.
La segunda evangelización, fue llamada el Siglo Cristiano del Japón. En 1543 arriban los primeros barcos portugueses y la actividad misionera de los primeros sacerdotes católicos, poco tiempo después comenzaron a llegar sacerdotes dominicos y franciscanos, más de 300.000 católicos iban a misa los domingos cuando, en 1587 se dicta el primer edicto de persecución contra los cristianos a instancia del bonzo Nichi-joshonin.
En 1597 el Taikō Toyotomi condenó a muerte a los cristianos.
En 1622 se produjo otro martirio de cristianos conocido como el Gran Martirio de Nagasaki.
Cerca de 37.000 rebeldes fueron martirizados.
Dos campesinos, que se criaron como cristianos, crearon una organización clandestina para preservar el cristianismo en Japón, un mizukata que se dedicaba a bautizar a los niños, un chokata que se dedicaba a mantener el calendario litúrgico y una persona que era el jefe de la comunidad cristiana, un puesto que heredaba el hijo mayor de la familia; todos eran laicos ya que ya no existían sacerdotes en Japón, la «Iglesia de las catacumbas, mantuvo muchas palabras sin traducir del Latín, Español y Portugués. La Biblia se pasaba oralmente,
La Virgen María era conocida como nandogami o la madre en la alacena ya que la imagen la colocaban en las alacenas del hogar.
En 1865 a la Iglesia católica le fue permitido abrir una iglesia en Nagasaki. Al poco tiempo, un grupo de japoneses curiosos se acercaron al templo dándose a conocer como cristianos. Los misioneros supieron que había cerca de 30.000 cristianos en la región.
Imprudentemente les dijeron que practicaran su fe abiertamente. Fueron masacrados, sólo 1.580 se salvaron
La persecución contra los cristianos iniciada en 1587 culminó en el Japón en 1889. Finalmente, los cristianos pudieron construir una catedral.
El 9 de agosto de 1945 la bomba atómica cayó a 500 metros de esa catedral.
El padre Maximilian Kolbe, realizó un gran trabajo evangelizador en Japón.
En el año 1973 la hermana Inés Sasagawa divulgó que la Virgen María se le apareció en diversas oportunidades, llorando sangre, dando origen a la devoción mariana de Nuestra Señora de Akita. Con un mensaje apocalíptico para la Humanidad:
“Si los hombres no se arrepienten y se mejoran a sí mismos, el Padre infligirá un terrible castigo a toda la humanidad. Será un castigo más grande que el diluvio”
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