La iglesia Ortodoxa a pesar del cisma y rompimiento con la iglesia universal, conserva la sucesión apostólica aunque en virtud del cisma ha quedado cortado todo influjo directo con Pedro, el Papa, quien, como hombre que es, puede ser también un pecador, como cualquier hombre, y para ello tenemos como antecedente, los «errores» cometidos por algunos Papas, como Liberio, Vigilio, Honorio, etc. Pero no podemos olvidar por ello, que Pedro, fue el elegido como cabeza de la iglesia por el Mesias, privilegio de las llaves, que concedió Cristo a su Iglesia universal, del que proviene toda jurisdicción; también conservan los ortodoxos, el magisterio a través de los Concilios, Santos Padres del Oriente, vida litúrgica, etc. Conservan aún la tradición ascética y la vida monástica; el culto a la Santísima Virgen, aunque nieguen sus dogmas, como el de la Concepción Inmaculada y el de la Asunción a los Cielos, y conservan, la veneración de los santos, esto, después de las grandes luchas sostenidas con ocasión de la herejía iconoclasta. La Iglesia Ortodoxa, concibe siete sacramentos: el bautismo, la Cena del Señor (misa), la reconciliación o confesión, la confirmación, el matrimonio, la unción de los enfermos y el orden sacerdotal, aunque de manera diferente. También es diferente la concepción del Purgatorio y la retribución inmediata. Ya que ellos no aceptan la pena de sentido o fuego purificador.
Los ortodoxos difieren o reprochan, la doctrina de la Procesión del Espíritu Santo, el Primado Pontificio, y la anexión del Filioque al Símbolo Niceno-Constantinopolitano. Es decir que niegan que el espíritu santo, sea amor del padre y el hijo. Además, ellos no profesan el celibato sacerdotal, es decir que allí, los sacerdotes se casan. Otra característica es, el uso del pan ázimo, ya que usan pan fermentado y la comunión, que ellos practican introduciendo pan en vino y administrándolo con una cuchara común, a toda la congregación, incluyendo niños que no han llegado al uso de razón, en otras ocasiones simplemente dejan una bandeja con panes cortados para que cada uno se sirva lo que quiera, aunque no en todas las ceremonias y afirman que la presencia sacramental de Cristo en la Eucaristía no se realiza por las palabras de la consagración, sino por las de la epíclesis.
Al primado del obispo de Roma oponen los ortodoxos sus propios primados, como el de Constantinopla primero, luego el de Moscú, la tercera Roma; o el de Jerusalén por ser la Ciudad del Señor. Así como existe controversia sobre el bautismo por aspersión o infusión. Llegando a negar que el bautismo católico sea válido. Niegan el carácter definitivo de la Confirmación, por considerarse como un complemento del Bautismo, entre ellos no lo practican; pero sí con los conversos a la Iglesia ortodoxa.
La cabeza de cada iglesia Ortodoxa es llamado “patriarca” o “metropolitano.” El patriarca de Constantinopla (Estambul, Turquía) es considerado el “ecuménico,” o patriarca universal. Él es lo más parecido a su contraparte, el Papa de la Iglesia Católica Romana. El Patriarca de Moscú es Kirill ex agente de la KGB, (por lo que uno entiende que no acepten la infalibilidad) el patriarca de la nueva Jerusalén o tercera Jerusalén como la llaman.
Para la Iglesia ortodoxa el sacramento de la confesión no tiene ningún efecto expiatorio. Es decir que difieren en la determinación de los efectos de los sacramentos, donde se dan sentencias diversas, algunas opuestas a la católica, tampoco admiten a veces el valor de las Indulgencias otra reminiscencia del influjo protestante; si bien a veces las conceden los Patriarcas. Su fórmula de absolución es deprecativa. Los ortodoxos eligen a una persona en quien confiar como su guía espiritual. No tiene que ser un sacerdote o párroco, puede ser un staretz (anciano, vidente, sanador ó profeta monástico), el individuo recurre a su éste para recibir consejos. Después de que se “confiesa” con su guía espiritual, el párroco (que puede o no haber escuchado la confesión) cubre la cabeza de la persona con su Epitrachelio (Estola) y lee la Oración, pidiendo a Dios que perdone.
En cuanto al Sacramento del Matrimonio no dan tanta importancia a la indisolubilidad, y entre los ortodoxos admite el divorcio por razones de adulterio, de enfermedad etc.